核酸・アミノ酸配列入力編集

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  • 配列名に配列データの定義行や生物種の情報を追加して表示可能
  • Muscle に対応
  • 差分表示時の基準にコンセンサスを利用可能

核酸・アミノ酸配列共通解析

• ホモロジー解析
• グローバルホモロジー解析
• マルチプルアライメント
  • Clustal W によるマルチプルアライメント
  • Muscle によるマルチプルアライメント
• 分子進化系統樹
• ハープロット
• モチーフ検索
• ローカル BLAST 検索

次世代シーケンサー対応機能

• 対応形式 : fastq, fna/qual, csfasta
• マッピング機能
• BAM/SAM 形式データ読み込み機能
• De Novo Assembly

核酸配列解析

• 配列データの組成分析
• アミノ酸配列への翻訳
• 特許出願フォーム出力
• GC 含量分布図作成処理
• di-Nucleotide 含量分布図作成処理
• ダイレクトリピート部位の解析
• インバーテッドリピート部位の解析
• 制限酵素認識部位解析
• 制限酵素地図作成
• 高速制限酵素解析
• サイレント変異導入設計支援
• ORF の解析
• コドンフレーム別含量分布図作成処理
• プロモーター部位の解析
• PCR プライマー部位の解析
• Primer 3
• ハイブリダイゼーション機能
• tRNA 領域の解析
• ヘアピン構造部位の解析
• パリンドローム部位の解析
• RNA 二次構造予測
• siRNA ターゲット部位予測
• エクソン部位検索
• コドン頻度表を使ったコード領域予測
• Fickett 法を使ったコード領域予測
• CpG island 候補検索
• 5'3' Splice 部位候補検索
• Polymerase II Promoter 部位候補検索
• PolyA signal 候補検索
• cRNA プローブ検索

配列データベース

• データベース構築
• エントリーの検索更新
• BLAST 検索
• キーワード検索
• 自動更新機能

アミノ酸配列解析

• 配列データの組成分析
• シグナルペプチドの予測
• 配列組換え機能
• タンパク質の等電点予測
• 核酸配列への逆翻訳
• 特許出願フォーム出力
• PEST 配列検索
• タンパク質の親水性 / 疎水性表示
• タンパク質の疎水性クラスター解析
• エドモンソンホイールプロットによる構造表示
• タンパク質のヘリックス構造展開表示
• T 細胞抗原性部位の予測
• アミノ酸配列からの制限酵素の解析
• ペプチダーゼ処理
• タンパク質の二次構造予測 (Chou-Fasman)
• Conformational Profile (Chou-Fasman)
• タンパク質の二次構造予測 (Robson)
• 核酸をアミノ酸に翻訳してのホモロジー解析

インターネット検索支援

• Entrez 検索
• BLAST 検索

論文作成支援

• プラスミド地図作成
  • 環状
  • 線状

シーケンスアセンブラー

• 核酸配列自動結合
  • 波形のサポート
  • コンティグマップ、波形画面、アライメント画面の連動表示
  • トリミング処理

ゲノムマップ

• ゲノムマップビューワー