核酸・アミノ酸配列入力編集

• ☆配列エディタ
  • ・核酸・アミノ酸配列入力編集
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• ・解析結果のマップ表示
  • ・アミノ酸翻訳表示
  • ・制限酵素切断部位表示
  • ・モチーフ検索
  • ・ORF 検索
  • ・PCR プライマー解析
  • ・GC 含量分布図表示
  • ・タンパク質の親水性・疎水性
  • ・Conformational Profile
  • ・ホモロジー解析
  • ・シグナルペプチド予測
  • ・エクソン部位検索
  • ●Codon 頻度表を使ったコード領域予測
  • ●Fickett 法を使ったコード領域予測
  • ●PolyA signal 候補検索
  • ●CpG island 候補検索
  • ●PolymeraseII Promoter 部位候補検索
  • ●5' 3' Splice 部位候補検索
  • ●PEST 配列検索
  • ●di-Nucleotide 含量分布図作成処理
  • ●コドンフレーム別含量分布図作成処理
  • ●T 細胞抗原性部位の予測
  • ●ペプチダーゼ処理

核酸配列解析

• ・配列データの組成分析
• ・アミノ酸配列への翻訳
• ・特許出願フォーム出力
• ・GC 含量分布図作成処理
• ・di-Nucleotide 含量分布図作成処理
• ・ダイレクトリピート部位の解析
• ・インバーテッドリピート部位の解析
• ・制限酵素認識部位解析
• ・制限酵素地図作成
• ・アミノ酸変異導入設計支援
• ・サイレント変異導入設計支援
• ・ORF の解析
• ・コドンフレーム別含量分布図作成処理
• ・プロモーター部位の解析
• ☆PCR プライマー部位の解析
• ☆Primer3
• ・ハイブリダイゼーション機能
• ・tRNA 領域の解析
• ・ヘアピン構造部位の解析
• ・パリンドローム部位の解析
• ・RNA 二次構造予測
• ・siRNA ターゲット部位予測
• ☆エクソン部位検索
• ・ゲノム配列間のハープロット
• ●Codon 頻度表を使ったコード領域予測
• ●Fickett 法を使ったコード領域予測
• ●PolyA signal 候補検索
• ●CpG island 候補検索
• ●PolymeraseII Promoter 部位候補検索
• ●5' 3' Splice 部位候補検索

• 

  ORF の解析・PCR プライマー部位の解析

核酸配列自動結合

• ・自動結合処理

インターネット検索支援

• ・Entrez 検索
• ・BLAST 検索

論文作成支援

• ☆プラスミド地図作成 (リニア・サーキュラ)

核酸・アミノ酸配列共通解析

• ・モチーフ検索
• ☆ホモロジー解析
• ・マキシマムマッチング
• ・マルチプルアライメント
• ・分子進化系統樹
• ・オーバーラップ
• ・ハープロット
• ・比較幅を指定してのホモロジー解析
• ●グローバルホモロジー解析

• 

  ★配列エディタ

  
  
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  マルチプルアライメント・分子進化系統樹

アミノ酸配列解析

• ・配列データの組成分析
• ・シグナルペプチドの予測
• ・配列組換え機能
• ・タンパク質の等電点予測
• ・核酸配列への逆翻訳
• ・特許出願フォーム出力
• ・PEST 配列検索
• ・タンパク質の親水性・疎水性表示
• ・タンパク質の疎水性クラスター解析
• ・エドモンソンホイールプロット
• ・タンパク質のヘリックス構造展開表示
• ・T 細胞抗原性部位の予測
• ・アミノ酸配列からの制限酵素の解析
• ・ペプチダーゼ処理
• ・タンパク質の二次構造予測 (Chou-Fasman)
• ・Conformational Profile (Chou-Fasman)
• ・タンパク質の二次構造予測 (Robson)
• ・核酸をアミノ酸に翻訳してのホモロジー解析

• 

  核酸配列自動結合

  
  
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  プラスミド地図作成