配列エディタ
GENETYX-MAC (Ver.17) で追加・機能アップされる項目
OS X 10.8 Mountain Lion 対応
次世代シーケンサー対応機能
- 対応形式 : fastq, fna/qual, csfasta
- マッピング機能
- BAM / SAM 形式データ読み込み機能
- 64bit OS 対応
- ペアエンドマッピング
- 複数の染色体別に同時マッピング
- 参照配列の Feature の表示
- 変異表の CSV 出力、印刷
- マッピング結果の印刷
- De Novo Assembly (64bit OS での利用を推奨)
- Forge を利用 (http://combiol.org/forge/)
- 10Mbp のゲノムのアセンブリに 4GB のメモリが必要
配列データベース
- 100kbase 程度の配列であれば一瞬で解析が終了
- 即座に切断点マップと各制限酵素毎の切断点数をリスト表示
配列エディタ
- 自動更新機能
- NCBI Entrez のキーワードを指定
- 一定時間毎に Entrez 検索を行い新規配列をデータベースに自動追加
- 更新履歴の記録
プライマー解析 Primer 3 支援
- Ver.0.6 から Ver.1.1.4 に対応
配列エディタ
- テンキー入力の復活
特許出願フォーム出力
- 従来の配列データの整形出力に加え、出願人情報、配列の特徴、文献情報等も整形して出力可能
GENETYX-MAC (Ver.17) 機能
核酸・アミノ酸配列入力編集
-
配列エディタ
- 核酸・アミノ酸配列入力編集
- 核酸・アミノ酸配列の音声出力
- コメント入力編集
- Feature Table のマップ表示
- 並列エディタ
核酸・アミノ酸配列共通解析
- モチーフ検索
- ローカルホモロジー解析
- グローバルホモロジー解析
- マキシマムマッチング
- マルチプルアライメント
- Muscle を使ったマルチプルアライメント
- ClustalW を使ったマルチプルアライメント
- 系統樹
- ハープロット
- ローカル BLAST 検索機能
- blastall (blastn, blastx, blastp, tblastn, tblastx)
- bl2seq (blastn, blastx, blastp)
核酸配列解析
- 各種解析の一括解析一覧表示
- 配列データ組成分析
- アミノ酸配列への翻訳
- 特許出願フォーム出力
- GC 含量分布図作成処理
- di-Nucleotide 含量分布図作成処理
- ダイレクトリピート部位の解析
- インバーテッドリピート部位の解析
- 高速制限酵素解析
- 制限酵素認識部位の解析
- アミノ酸変異導入設計支援機能
- ORF の解析
- コドンフレーム別含量分布図作成処理
- プロモーター部位の解析
- PCR プライマー部位の解析
- プライマー解析 Primer3 支援
- ハイブリダイゼーション機能
- tRNA 領域の解析
- ヘアピン構造部位の解析
- パリンドローム部位の解析
- 核酸配列二次構造予測
- siRNA ターゲット部位予測
- コドン頻度表を使ったコード領域予測
- Fickett 法を使ったコード領域予測
- CpG island の候補検索
- 5' 3' スプライス部位候補検索
- Polymerase II プロモーター部位候補検索
- PolyA Signal 候補検索
アミノ酸配列解析
- 各種解析の一括解析一覧表示
- 配列データの組成分析
- シグナルペプチドの予測
- 配列組換え機能
- 蛋白質の等電点予測
- 核酸配列への逆翻訳
- 特許出願フォーム出力
- 蛋白質の親水性・疎水性表示
- 蛋白質の疎水性クラスター解析
- エドモンソン・ホイール・プロット法による蛋白質の構造予測
- T 細胞抗原性部位の予測
- アミノ酸配列からの制限酵素の解析
- ペプチダーゼ処理
- PEST 配列の検索
- 蛋白質二次構造予測
- Chou-Fasman
- Robson
- 核酸をアミノ酸に翻訳してのホモロジー解析
シーケンスアセンブラー
- 波形のサポート
- コンティグマップ、波形画面、アライメント画面の連動
- 解析処理
- トリミング処理
- 編集機能
配列データベース
- 配列データベース
- データベースの作成
- 配列の登録/削除
- 検索
- エントリの配列/並列エディタでの表示
- BLAST データベースの生成
- 次世代シーケンサーの解析結果等の fna 形式のファイルのインポート
- 自動更新機能
論文作成支援
- プラスミド地図作成(リニア・サーキュラ)
その他
- NCBI BLAST 検索支援
- GENETYX-MAC アップデート履歴チェック、アップデータの取得
- コマンド呼び出し機能
次世代シーケンサー対応機能
- 対応形式 : fastq, fna/qual, csfasta
- マッピング機能
- BAM/SAM 形式データ読み込み機能
- 64bit OS 対応
- ペアエンドマッピング
- 複数の染色体別に同時マッピング
- 参照配列の Feature の表示
- 変異表の CSV 出力、印刷
- マッピング結果の印刷
- De Novo Assembly
シーケンスアセンブラー
プラスミド地図作成
多年にわたる充実したサポート
Web サービス | GENETYX URL http://www.genetyx.co.jp/ 弊社ホームページより新着情報、製品情報、FAQ、最新アップデート情報、最新アップデートファイル取得可 |
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メールサービス | メールでのお問い合わせに対する回答 |
電話・FAX サービス | 電話・FAX にてのお問い合わせに対する回答 |
DM サービス | 登録者にダイレクトメールにて新製品情報等の提供 |
有償年間保守サポート | ネットワーク版は常に最新のバージョン利用可 |
動作環境
対応機種 | OS X Lion 以上が動作する IntelMac シリーズ |
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対応 OS | OS X Lion 以上 (Mountain Lion 対応) |
メモリ | 1GB 以上(2GB 以上を推奨) |
HDD 容量 | 1GB 以上 HFS+ でフォーマットしたもの (購入時は HFS+ でフォーマットしてあります。その他のフォーマット上では動作しません) |
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