MUMmer はゲノム配列を高速にアライメントするためのシステムです。ゲノム等のリファレンス配列に対してシーケンサーで得られた contig 等の大量のクエリ配列を高速に global alignment することができます。

NUCmer

　核酸配列と、核酸配列との比較を行います。

PROmer

　核酸配列の翻訳と、核酸配列の翻訳との比較を行います。