多数の断片配列を既知の配列上の類似度の高い部位へ配置します。

配置完了後、断片配列のコンセンサス配列を決定し、コンセンサス配列と既知の配列との比較を行います。

• 断片配列に FASTA 形式、FASTQ (@, +) 形式、FNA/QUAL (.fna+.qual) 形式、および CSFASTA (Color Space FASTA) 形式が指定可能です。
• マッピング等の解析で一般的に使われる SAM/BAM 形式のファイルを読み込んでゲノムマッピングの結果と同様に表示することができます。
• 複数の染色体別に同時マッピングができます。
• 参照配列の Feature の表示ができます。
• 参照配列とマッピング結果全体の概観を表す全体 MAP の表示ができます。