ハープロットは、2 つの核酸、または 2 つのアミノ酸配列データを 2 次元のドットマトリックスを使って比較します。 2 つの配列データをそれぞれ水平・垂直方向に並べて、両者の配列コードが一致したところに点を打って、ドットマトリックスを作ります。

• プロット画像の大きさを変更して、複数ページに分けて印刷できます。

• ゲノム配列の比較では、ドットマトリックスで領域を選択して、ホモロジー検索をしてアライメントのテキスト表示ができます。NEXUS/PAUP形式で表示したアライメントのテキストは、GENETYX 複数配列エディタで表示編集できます。