アライメント後の配列データは複数配列編集ウインドウで編集することができます。

アライメントの結果は複数配列編集ウインドウ上からテキスト、またはグラフィックで表示することができ、系統樹を作成することも可能です。

また、複数配列編集ウインドウでは表示する配列を配列コードごとに色分けして表示することも可能です。