コドン最適化

Condon, A. and Thachuk, C の方法により、指定された望ましいモチーフを可能な限り多く、望ましくないモチーフを可能な限り少なく、かつ、CAI (Codon Adaptation Index) が可能な限り 1.0 に近づくようにコドンを最適化します。モチーフが指定されなかった場合は、全てのコドンをもっとも頻繁に使用されるコドンに置き換えます。