参照配列となる配列データに対して、比較対象となる配列データを置き換えや欠損を考慮しながら、塩基/アミノ酸配列間で一致する塩基/アミノ酸残基対が最大になるように並べ替えます。
一致、不一致、欠損についてそれぞれ得点を与え、合計を算出して最小のものを出力します。