核酸またはアミノ酸同士の複数の配列データについて、ギャップを考慮した自動アライメントを行い、結果を複数配列編集ウインドウに表示します。
アライメント後の配列データは複数配列編集ウインドウで編集することができます。
アライメントの結果は複数配列編集ウインドウ上からテキスト、またはグラフィックで表示することができ、系統樹を作成することも可能です。
また、複数配列編集ウインドウでは表示する配列を配列コードごとに色分けして表示することも可能です。