PolymeraseII Promoter 部位候補検索

Position Specific Scoring Matrix (PSSM) を用いて、真核生物の RNA ポリメラーゼ II プロモーター部位 (TATA-box、Cap signal、CCAAT-box、GC-box) を検索します。

配列の先頭から、終わりまで 1 塩基ずつ移動させながらスコアを計算します。

スコアが閾値より大きい値であれば、プロモーター部位と予測します。