BLASTはNCBI (National Center for Biotechnology Information) が開発しているホモロジー検索ソフトウェアです。
blastallは配列データベースから作成したblast databaseに対してblast検索を行います。
bl2seqはblast databaseに対してではなく、個々の配列に対してホモロジーを行います。