BLASTはNCBI (National Center for Biotechnology Information) が開発しているホモロジー検索ソフトウェアです。
配列データベースで作成したディビジョンに対してblast検索を行います。
bl2seq は配列データベースに対してではなく、個々の配列に対してホモロジー検索を行います。