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Magic-BLAST の実行結果から発現量比較を行う (GENETYX-NGS) (v17/v16)

  1. GENETYX-NGS を起動します。

    GENETYX の [Application] → [GENETYX-NGS(64bit OS Only)]を選択します。

    genetyx_menu_ngs.png

  2. [Analyze] → [Magic-BLAST (for RNAseq)...] を選択します。

    ngs_menu_magic-blast.png

  3. Magic-BLAST を実行します。

    Query Sequences を複数指定すると、Query 毎に SAM ファイルが作成されます。

    magic-blast_dialog.png

  4. [Analyze] → [Expression Level with BAM...] を選択します。

    ngs_menu_expression_level.png

  5. Magic-BLAST 解析結果の SAM ファイルを指定して解析を実行します。

    発現量比較で使用するすべての SAM ファイルに対して実行します。

    expression_level_dialog.png

  6. 解析結果をテキストファイルに保存します。

    保存したファイルがカウントファイルになります。

    expression_level_bam.png

  7. [Analyze] → [Compare Expression Levels...] を選択します。

    ngs_menu_compare_expression_levels.png

  8. 比較するグループ毎にカウントファイルを指定して [OK] をクリックします。

    Expression Level with BAM... で保存したカウントファイルを指定します。

    compare_expression_levels_dialog.png

  9. 解析結果が表示されます。

    VolcanoPlot.png