次世代シーケンサー対応機能

ゲノムマッピング

ゲノム種比較

クオリティチェック

• トリミング機能 ●
  入力した配列に対してアダプター配列や低クオリティ領域を切り取るトリミング処理を行い新しいファイルに出力します。
• SNP 検出機能 ▲ ●
  マッピング結果から SNP の検出を行います。 PCR 重複除去、Realignment およびフィルタ処理を行うことができます。結果は VCF ファイルとして出力することができます。
• ゲノム種比較 (微生物) ▲ ●
  Tetra Nucleotide 頻度および ANI (Average Nucleotide Identity) 値を算出して微生物ゲノム間の比較を行います。
• SAM/BAM インポート
  マッピング等の解析で一般的に使われる SAM/BAM 形式のファイルを読み込んで、ゲノムマッピングの結果と同時に表示します。
• 変異表
  ゲノムマッピングによって得られたコンセンサス配列と参照配列を比較して、その変異を一覧表示します。変異表は印刷や CSV 形式のファイルで出力できます。
• de novo Assembly ●
  MIRA ▲ を使用して、次世代シーケンサーから出力された断片配列の de novo Assembly を行います。
• クオリティチェック機能
  マッピングやアセンブルなどの解析を行う前にシーケンサーから出力された配列の質 (クオリティスコア、塩基組成、配列長、重複など) を調査します。
• 発現量解析機能 ▲
  マッピングの結果を元に発現量解析を行います。
• 配列組成表示機能
  任意の範囲を指定してマッピングされた配列の組成を計算して出力します。
• 解析履歴機能
  過去に行った解析の結果と条件を表示できます。

シーケンサー出力のアセンブル

配列・波形同時表示

• 配列・波形同時表示機能 ●
  同一画面上に配列ファイルと波形ファイルを表示が可能になりました。
• ベクター配列のトリミング
  ベクター配列を検索して、断片配列を読み込む際にその部分を取り除きます。目的の塩基配列のみをアセンブルすることができます。
• アミノ酸翻訳表示
  コンセンサス配列からアミノ酸へ翻訳して、コンセンサス配列と同時に表示できます。
• プロジェクトファイル形式の共通化 ●
  ATGC で作成したプロジェクトファイルを ATGC-MAC で開けるようになりました。また、その逆も可能です。
  
  ※Macintosh版の旧バージョンで作成したプロジェクトファイルはMacintosh版のみ対応
  Windows版の旧バージョンで作成したプロジェクトファイルはWindows版のみ対応