シーケンスアセンブリソフトウェア ATGC はゲノムレベルまでの配列決定を支援するソフトウェアです。
大量のフラグメント配列の結合処理を高速に行い、コンセンサス配列の決定に波形の信頼度を考慮する機能など最新のテクノロジーが組み込まれています。
コンティグのマップウィンドウと波形データとアライメントの同時連動表示などの操作性も優れています。
 Windows版 (Ver.5) 画面 |
 Macintosh版 (Ver.4.2) 画面 |
・コンセンサス配列のアミノ酸変換 (Windows版)
☆比較要約表示 (Windows版)
・トリミング設定 (Macintosh版)
◆扱いやすい操作性
わずか一回の解析操作で最終的なコンティグの作成まで自動的に行い、解析条件も必要最小限のものに絞っていますので初心者からエキスパートまで安心してお使いいただけます。
また、ATGC で解析したシーケンス・コンティグは GENETYX で読み込んで編集することが可能です。
◆大規模、高速処理を実現
大量のフラグメントの結合処理を行うにもかかわらず、オーバーヘッド時間を極力抑えてスケーラブルな性能を実現しています。
またマルチスレッドに対応していますので、CPU を複数搭載しているコンピュータを使うことで解析時間をさらに短縮できます。
◆ホールゲノムの配列決定を支援
ホールゲノムの配列決定に必要な 10,000 本以上におよぶフラグメントのショットガン配列決定が可能です。
◆強力な自動結合処理
シーケンスのマッチング、スコア処理、結合ツリーの作成において最高の結合処理が実現されています。
◆コンティグマップ、波形画面、アライメント画面の連動表示
コンティグマップ、波形画面がアライメント画面と連動して表示されますのでコンセンサス配列の決定がすばやく正確にできます。
◆波形の信頼度を考慮した配列決定
コンセンサス配列の決定は、フラグメント毎の波形の信頼度を基に行います。コンセンサス配列の機械的な編集作業が軽減できるので結合編集作業時間を大幅に短縮できます。
◆豊富な解析、編集機能
解析処理
- プロジェクト管理機能
- フラグメント自動結合処理
- フラグメント追加マッチング
- コンティグ同士の結合
- バッチ処理 (※)
- マルチスレッド処理 等
トリミング処理
- ベクター配列の直接入力
- ベクター、制限酵素からの
ベクター配列の決定 - トリミング処理のログ出力 等
波形処理
- 波形ファイルの読み込み
- 波形のマルチ表示
- 波形の信頼度算出
- 波形表示レベルの自動マッチング
- 編集画面との連動 等
編集処理
- 配列ファイルの読み込み
- フラグメント配列の編集
- コンセンサス配列の編集
- フラグメント・コンセンサス配列の連係編集
- 配列のソート機能
- 核酸配列の表示色の設定 (※)
- 結合マップ・波形画面・編集画面の連動機能
- 比較要約表示 (※)
- 編集マーキング機能
- 不一致 / ギャップ位置へのスキップ機能
- フラグメント・コンセンサス配列のエクスポート
- コンセンサス配列の相補鎖表示
- コンセンサス配列のアミノ酸翻訳表示 等
(※) 印は Windows 版のみの機能です。
赤字は Ver.5 で新規追加・機能アップされた項目です。
動作環境
| ○Windows版 (Ver.5) | ○Macintosh版 (Ver.4.2) | |
| Microsoft Windows Vista / XP / 2000 が動作する機種 | 対応機種 | Mac OS X Ver.10.3 以上が動作する PowerMac, IntelMac シリーズ |
| Microsoft Windows Vista / XP / 2000 (32Bit版) | OS | Mac OS X Ver.10.3 以上 (Mac OS X Ver.10.3 未満、Mac OS 9 及び Classic 環境では使用できません) |
| 256MB 以上 (推奨 512MB 以上) | メモリ | 256MB 以上 (推奨 512MB 以上) |
| アプリケーションインストール領域として 10MB 以上の空き容量 | HD容量 | アプリケーションインストール領域として 10MB 以上の空き容量 HFS+ でフォーマットしたもの (購入時は HFS+ でフォーマットしてあります。UFS 上では動作しません) |