シーケンスアセンブリソフトウェア ATGC は大量のフラグメントの結合処理を高速に行い、
波形の信頼度を考慮してコンセンサス配列の決定をするソフトウェアです。
次世代シーケンサーのデータにも対応しています。
OS X 10.9.5 Mavericks 以上
編集画面に連動して結合マップと波形表示がスクロールするので、波形を確認しながらの編集作業が効率よく行えます。
ベクター配列を検索して、断片配列を読み込む際にその部分を取り除きます。目的の塩基配列のみをアセンブルすることができます。
コンセンサス配列からアミノ酸へ翻訳して、コンセンサス配列と同時に表示できます。
次世代シーケンサーからの断片配列 (FASTA、FASTQ、FNA/QUAL、CSFASTA) を既知のゲノム配列 (参照配列) にマッピングします。
マッピング等の解析で一般的に使われる SAM / BAM 形式のファイルを読み込んで、ゲノムマッピングの結果と同時に表示します。
ゲノムマッピングによって得られたコンセンサス配列と参照配列を比較して、その変異を一覧表示します。変異表は印刷や CSV 形式でのファイルで出力できます。
Forge を使用して、次世代シーケンサーからの断片配列 (FASTQ、FNA/QUAL、CSFASTA) の de novo アセンブリを行います。
●印は Ver.5 で新規追加された機能です。
対応機種 | OS X Mavericks (10.9.5) 以上が動作する IntelMac シリーズ |
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OS | OS X Mavericks (10.9.5) 以上 ※OS X Yosemite (10.10) 対応 |
メモリ | 1GB 以上 (2GB 以上を推奨) |
HDD 容量 | 1GB 以上の空き容量 HFS+ でフォーマットしたもの (購入時は HFS+ でフォーマットしてあります。その他のフォーマット上では動作しません) |
その他 | CD-ROM (DVD-ROM) 装置 (インストール時に使用) |