次世代シーケンサー対応機能

ゲノムマッピング

• ゲノムマッピング
  次世代シーケンサーからの断片配列 (FASTA、FASTQ、FNA/QUAL、CSFASTA) を既知のゲノム配列 (参照配列) にマッピングします。
• SAM / BAM インポート
  マッピング等の解析で一般的に使われる SAM / BAM 形式のファイルを読み込んで、ゲノムマッピングの結果と同時に表示します。
• 変異表
  ゲノムマッピングによって得られたコンセンサス配列と参照配列を比較して、その変異を一覧表示します。変異表は印刷や CSV 形式でのファイルで出力できます。
• de novo アセンブリ
  Forge (http://combiol.org/forge/) を使用して、次世代シーケンサーからの断片配列 (FASTQ、FNA/QUAL、CSFASTA) の de novo アセンブリを行います。
• クオリティチェック機能 ●
  マッピングやアセンブルなどの解析を行う前にシーケンサーから出力された配列の質 (クオリティスコア、塩基組成、配列長、重複など) を調査します。
• トリミング機能 ●
  入力した配列に対してアダプター配列や低クオリティ領域を切り取るトリミング処理を行い新しいファイルに出力します。
• 配列組成表示機能 ●
  任意の範囲を指定してマッピングされた配列の組成を計算して出力します。

シーケンサー出力のアセンブル

編集画面・結合マップ・波形表示の連動

• 編集画面・結合マップ・波形表示の連動
  編集画面に連動して結合マップと波形表示がスクロールするので、波形を確認しながらの編集作業が効率よく行えます。
• アライメントの印刷 ●
  コンティグのアライメントを印刷できます。1 行あたりの配列長を変更することができます。不一致部位の色を反転することができます。
• 波形全体の印刷 ●
  コンティグ全体にわたる波形の印刷できます。
• ベクター配列のトリミング
  ベクター配列を検索して、断片配列を読み込む際にその部分を取り除きます。目的の塩基配列のみをアセンブルすることができます。
• アミノ酸翻訳表示
  コンセンサス配列からアミノ酸へ翻訳して、コンセンサス配列と同時に表示できます。