■ GENETYX Ver.10 で追加・機能アップされる項目
- 配列データベース
(1GB 程度の小規模なプライベートデータベースを想定) -
複数の配列を一つのデータベースとしてまとめて管理することができます。
作成したデータベースに対してキーワード検索や BLAST 検索を行うことができます。
GENETYX の NCBI Entrez キーワード検索した配列をデータベースに簡単に登録することができます。 データベースから配列エディタや複数配列エディタで配列を開き各種解析を行うことができます。
GENETYX-MAC (Ver.16) のデータベースがそのまま利用できます。
次世代シーケンサーの解析結果等の fna 形式のファイルのインポートを行うことができます。 - ゲノムマッピング機能
-
配列断片の参照配列上での位置を検索することができます。
参照配列と断片配列を比較することで、変異解析を行うことができます。ゲノムマッピング機能処理時間マシン Intel Core 2 CPU E6600 2.4GHz メモリ 2.00GB 参照配列長 4.5Mbp 断片配列数 500 万本 処理時間 800 秒 - ローカル BLAST 検索機能
-
ローカルの配列に BLAST 検索を行うことができます。
blastall (blastn、blastx、blastp、tblastn、tblastx) - ホモロジー検索結果の特異性表示機能
-
ホモロジー検索結果に特異性を表示します。
特異性の高い PCR プライマーなどを設計する時に役立ちます。 - 翻訳配列による塩基配列マルチアライメント機能
-
塩基配列を翻訳して得られるアミノ酸配列でのマルチプルアライメントから塩基配列のマルチプルアライメントを作成します。
塩基配列をアミノ酸単位でアライメントすることができます。 - プラスミド作図機能
- ゲル電気泳動パターン予測機能を追加します。
- 分子進化系統樹
- 各ノードの距離表示をマウスで移動できるように改善します。
- ハープロット
- プリント機能を強化します。
- 外部プログラムの呼び出し機能
-
解析プログラムを GENETYX から呼び出し、結果を表示する機能です。
複雑なコマンドが簡単に扱えるようになります。
● 配列データベース
● ローカル BLAST 検索機能
■ GENETYX Ver.10 機能
● 核酸・アミノ酸配列入力編集
-
配列エディタ
- 核酸・アミノ酸配列入力編集
- 核酸・アミノ酸配列の音声出力
- Feature Table 編集機能
- 解析結果のマップ表示
- 複数配列エディタ
● アミノ酸配列解析
- 配列データの組成分析
- シグナルペプチドの予測
- 配列組換え機能
- タンパク質の等電点予測
- 核酸配列への逆翻訳
- 特許出願フォーム出力
- PEST 配列検索
- タンパク質の親水性・疎水性表示
- タンパク質の疎水性クラスター解析
- エドモンソンホイールプロット
- タンパク質のヘリックス構造展開表示
- T 細胞抗原性部位の予測
- アミノ酸配列からの制限酵素の解析
- ペプチダーゼ処理
- タンパク質の二次構造予測 (Chou-Fasman / Robson)
- Conformational Profile (Chou-Fasman)
- 核酸をアミノ酸に翻訳してのホモロジー解析
● 核酸配列解析
- 配列データの組成分析
- アミノ酸配列への翻訳
- 特許出願フォーム出力
- GC 含量分布図作成処理
- di-Nucleotide 含量分布図作成処理
- ダイレクトリピート部位の解析
- インバーテッドリピート部位の解析
- 制限酵素認識部位解析
- 制限酵素地図作成
- サイレント変異導入設計支援
- ORF の解析
- コドンフレーム別含量分布図作成処理
- プロモーター部位の解析
- PCR プライマー部位の解析
- Primer 3
- ハイブリダイゼーション機能
- tRNA 領域の解析
- ヘアピン構造部位の解析
- パリンドローム部位の解析
- RNA 二次構造予測
- siRNA ターゲット部位予測
- エクソン部位検索
- コドン頻度表を使ったコード領域予測
- Fickett 法を使ったコード領域予測
- CpG island 候補検索
- 5'3' スプライス部位候補検索
- Polymerase II Promoter 部位候補検索
- PolyA signal 候補検索
- cRNA プローブ検索
● 核酸・アミノ酸配列共通解析
- ホモロジー解析
- グローバルホモロジー解析
- マルチプルアライメント
- 分子進化系統樹
- ハープロット
- モチーフ検索
- ローカル BLAST 検索
● 核酸配列自動結合
- 自動結合処理
● インターネット検索支援
- Entrez 検索
- BLAST 検索
● 論文作成支援
- プラスミド地図作成
● 配列データベース
- データベースの構築
- 次世代シーケンサーの解析結果等の fna 形式のファイルのインポート
● ゲノムマップ
- ゲノムマッピング機能
- ゲノムマップビューワー
■ 統合機能
● シーケンスアセンブリソフトウェア ATGC
シーケンスアセンブリソフトウェア ATGC は
ゲノムレベルまでの配列決定を支援するソフトウェアです。
大量のフラグメント配列の結合処理を高速に行い、コンセンサス配列の決定に
波形の信頼度を考慮する機能など最新のテクノロジーが組み込まれています。
コンティグのマップウインドウと波形データと
アライメントの同時連動表示などの操作性も優れています。
マップウインドウと波形データとアライメントの同時連動表示● 配列データベースソフトウェア GENETYX-PDB（相当）
配列データベースは
研究者に必要な配列データ(核酸配列,アミノ酸配列)を
プライベートデータベース化し、
キーワード検索やホモロジー検索（BLAST）を行います。
配列データベースイメージ● cRNA プローブ検索ソフトウェア G-Probe1
cRNA プローブ検索ソフトウェア G-Probe1 は
遺伝子発現解析用 cRNA プローブを検索するソフトウェアです。
配列データをインターネット上のデータベースから取得し、
その配列データを キー にして BLAST 検索をかけます。
その検索結果から標的遺伝子を特異的に検出できる領域を判定し、
その領域内よりプローブとして使用できる条件を満たした配列を抽出します。
プローブ検索イメージ● ゲノムマップソフトウェア G-MAP
ゲノムマップソフトウェア G-MAP は
ゲノムスケールの巨大な配列データ、膨大なアノテーション情報、
解析データ等をデータベースに格納し、
注目する情報を整理して効率的に表示するゲノムビューワソフトウェアです。
データ比較表示■ 動作環境
| 対応機種 | : | Microsoft Windows 7 / Vista / XP が動作する機種 |
|---|---|---|
| 対応 OS | : | Microsoft Windows 7 / Vista / XP |
| ※以上全て日本語版、32bit OS / 64bit OS | ||
| メモリ | : | 1GB 以上（推奨 2GB 以上） |
| HDD 容量 | : | 1GB 以上の空き容量 |
| その他 | : | 音声出力にはサウンドカードが必要 |
| Internet Explorer Ver.6 以上がインスト－ルされていること。 |
■ 多年にわたる充実したサポート
| Web サービス | : | GENETYX ホームページ http://www.sdc.co.jp/genetyx/ |
|---|---|---|
| 弊社ホームページより新着情報、製品情報、FAQ、最新アップデート情報、最新アップデートファイル取得可 | ||
| メールサービス | : | メールでのお問い合わせに対する回答 |
| 電話・FAX サービス | : | 電話・FAX にてのお問い合わせに対する回答 |
| DM サービス | : | 登録者にダイレクトメールにて新製品情報等の提供 |
| 有償年間保守サポート | : | ネットワーク版は常に最新のバージョン利用可 |
GENETYX®は株式会社ゼネティックスの登録商標です。
お問い合わせはこちらへお願いいたします。
Copyright © NIHON SERVER CORPORATION All Rights Reserved.