核酸・アミノ酸配列入力編集

• 配列エディタ
  • 核酸・アミノ酸配列入力編集
  • 核酸・アミノ酸配列の音声出力
  • Feature Table 編集機能
  • 解析結果のマップ表示
• 複数配列エディタ
  • フィーチャーの同時表示
  • 配列の背景色の設定
  • 配列の文字色の設定
  • 下線の追加
  • 配列名に配列データの定義行や生物種の情報を追加して表示可能
  • Muscle に対応
  • 差分表示時の基準にコンセンサスを利用可能

核酸・アミノ酸配列共通解析

• ホモロジー解析
• グローバルホモロジー解析
• マルチプルアライメント
  • ClustalW によるマルチプルアライメント
  • Muscle によるマルチプルアライメント
• 分子進化系統樹
• ハープロット
• モチーフ検索
• Local BLAST 検索

次世代シーケンサー対応機能 (GENETYX-Genome)

• 対応形式 : fastq, fna/qual, csfasta
• マッピング機能
• BAM/SAM 形式データ読み込み機能
• ペアエンドマッピング
• 複数の染色体別に同時マッピング
• 参照配列の Feature の表示
• 変異表の CSV 出力、印刷
• De Novo Assembly (64bit OS での利用を推奨)
  • Forge を利用
  • 10Mbp のゲノムのアセンブリに 4GB のメモリが必要

ゲノムマップ (G-MAP)

• ゲノムマップビューワー

アミノ酸配列解析

• 配列データの組成分析
• シグナルペプチドの予測
• 配列組換え機能
• タンパク質の等電点予測
• 核酸配列への逆翻訳
• 特許出願フォーム出力
• PEST 配列検索
• タンパク質の親水性 / 疎水性表示
• タンパク質の疎水性クラスター解析
• エドモンソンホイールプロットによる構造表示
• タンパク質のヘリックス構造展開表示
• T 細胞抗原性部位の予測
• アミノ酸配列からの制限酵素の解析
• ペプチダーゼ処理
• タンパク質の二次構造予測 (Chou-Fasman)
• Conformational Profile (Chou-Fasman)
• タンパク質の二次構造予測 (GOR)

インターネット検索支援

• Entrez 検索
• NCBI BLAST 検索

論文作成支援

• プラスミド地図作成
  • 環状
  • 線状

シーケンスアセンブラー (ATGC)

• 核酸配列自動結合
  • 波形のサポート
  • コンティグマップ、波形画面、アライメント画面の連動表示
  • トリミング処理

配列データベース

• データベース構築
• エントリーの検索更新
• キーワード検索
• 自動更新機能

核酸配列解析

• SNPs 検索
  • リファレンス配列に対しクエリ配列をマッピングし異なる部位を強調表示
  • クエリ配列に波形を表示可能
• アミノ酸配列への翻訳
• 配列データの組成分析
• 特許出願フォーム出力
• GC 含量分布図作成処理
• di-Nucleotide 含量分布図作成処理
• ダイレクトリピート部位の解析
• インバーテッドリピート部位の解析
• 制限酵素認識部位解析
• 制限酵素地図作成
• 高速制限酵素解析
• サイレント変異導入設計支援
• ORF の解析
• コドンフレーム別含量分布図作成処理
• プロモーター部位の解析
• PCR プライマー部位の解析
• Primer 3
• ハイブリダイゼーション機能
• tRNA 領域の解析
• ヘアピン構造部位の解析
• パリンドローム部位の解析
• RNA 二次構造予測
• siRNA ターゲット部位予測
• エクソン部位検索
• コドン頻度表を使ったコード領域予測
• Fickett 法を使ったコード領域予測
• CpG island 候補検索
• 5'3' Splice 部位候補検索
• Polymerase II Promoter 部位候補検索
• PolyA signal 候補検索
• cRNA プローブ検索
• MUMmer
  • ゲノムレベルのアライメント機能